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회사는 세법에 따라 연말정산하고 소득세를 원천징수·납부를 해야 한다. 원천징수의무를 성실히 이행하지 않을 경우 원천징수납부 등 불성실가산세를 부담하게 되므로 연말정산 과다공제를 사전에 방지할 권한과 의무가 있다.

√과세대상 근로소득에 포함되는 항목
① ‘18년 귀속 급여 중 미지급 급여
1월부터 11월까지 미지급 급여는 해당 과세기간의 12.31.에 지급한 것으로 보며, 12월분 미지급 급여는 다음 연도 2월 말일에 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수하고 연말정산 시 미지급 급여를 총급여액에 포함

② 3월 이상(건설 1년) 동일 고용주에게 계속 근무하는 일용근로자의 급여
1년 이상 계속 고용된 건설노무자를 일반급여자로 보는 시기 및 연말정산의 취급(소기통 20-20…1)
-근로소득에 대한 원친징수는 계속 고용으로 1년이 되는 날이 속하는 월부터 일반급여자로 본다.
-연말정산 시는 1년이 되는 날이 속하는 과세기간의 초일부터 일반급여자로 본다.(일반급여자로서 연말정산 대상에 해당)

③ 인정상여(예시)
·종업원에게 주택자금 등 저리 또는 무상으로 대여한 대여금의 인정이자
·현실적인 퇴직에 해당하지 않는 임직원에게 지급한 퇴직금의 인정이자
·회사의 제품상품을 소속 직원에게 무상으로 지급하는 현물급여(양도가능 할인쿠폰 포함)및 현저하게 낮은 가액으로 할인판매한 가액과 시가와 차액
·다만, 사용인에게 자기의 제품이나 상품 등을 할인판매하는 경우로서 다음에 해당하는 때는 인정상여에 포함하지 아니함(법기통 52-88…3)
-할인판매가격이 법인의 취득가액 이상이며 통상 일반 소비자에게 판매하는 가액에 비하여 현저하게 낮은 가액이 아닌 것
-할인판매를 하는 제품 등의 수량은 사용인이 통상 자기의 가사를 위하여 소비하는 것이라고 인정되는 정도의 것

④ 파견수당(파견공무원, 대학병원 교수, 파견근로자 등)
파견공무원, 대학병원 교수, 파견근로자 등이 파견지에서 근로의 대가로 지급받는 각종수당(비과세 소득 제외)

⑤ 시내출장 여비와 별도로 지급받는 자기차량운전보조금
시내출장의 여비를 별도로 지급받으면서 자기차량운전보조금을 지급받거나, 근로자 본인 소유 차량이 없음에도 자기차량운전보조금을 지급받는 경우 그 자기차량운전보조금은 근로소득에 해당

⑥ 비과세 한도를 초과한 국외근로소득 비과세 금액과 국외 출장기간 중의 급여
·국외 등 건설현장에서 근로를 제공하고 받는 보수 중 월 300만원 이내의 금액을 비과세하나, 이는 건설관련 기능직, 건설 단순 종사원, 감리업무 수행자에 해당하는 것으로, 국외 건설현장 파견직원 중 경영지원․영업․자재․기타 공통업무를 수행하는 직원은 월 100만원 이내에서 비과세 됨
·인사발령내역, 출입국 사실 등을 확인하여 국외 장기출장 중에 받은 급여는 비과세가 아닌 근로소득에 해당

⑦ 현물식사와 별도로 지급받는 식사대
현물식사를 근로자에게 제공하면서 급여에 별도로 식사대를 포함하여 지급하는 경우 그 식사대는 비과세가 아닌 근로소득에 해당

⑧ 직원에게 지급하는 비과세 아닌 학자금 및 자녀교육비 지원액
·명예퇴직하는 근로자에게 노사합의에 의해 퇴직 후 일정기간 동안 지원하는 자녀학자금은 당해 근로자의 근로소득에 해당
·회사가 임직원의 자녀를 특정하여 학교장으로 하여금 장학생 등으로 추천하게 하여 지급하는 장학금(학자금)은 당해 임직원의 근로소득에 해당
·우수인재 확보를 위해 근로관계가 없는 대학생 등에게 지급하는 장학금은 그 학생이 해당 회사에 입사한 이후 계약조건에 따라 안분한 금액을 근로소득에 가산함(장학금은 입사 전까지 소득세 과세대상 아님)

√이중 근무자
소속 근로자가 재취직자 또는 2인 이상으로부터 근로소득이 있는 자에 해당하는 지 확인하여 종(전) 근무지의 근로소득을 합산하였는지 확인

√전출·합병·법인전환 등 고용승계자
관계회사 또는 지점 간 전출․입 근로자 등에 대한 연말정산 시 종(전) 근무지의 근로소득을 합산하여 연말정산하였는지, 지급명세서를 작성 시 종(전) 근무지와 주(현) 근무지의 근로소득을 구분하였는지 확인

√외국인 근로자
외국인 단일세율(19%) 또는 외국인기술자 세액감면은 외국인에만 해당(대한민국 국적을 가진 재외국민은 제외)

출처 :  http://lyjkicpa.co.kr/mailzine/?action=rread2&mcat=A10001&no=21768